Uppsala Maja liegt in einem der ältesten noch erhaltenen Holzhäuser in Tartu, auf das schon Angaben aus dem 18. Jahrhundert hinweisen. Aus dieser Zeit ist der gewölbte Keller unter dem nördlichen Teil des Hauses erhalten, der offensichtlich am Ende des 17. Jahrhunderts gebaut, aber während dem Nordischen Krieg beschädigt wurde. Eine dendrochronologische Untersuchung ergab, dass der älteste Teil des Hauses aus den 1750er Jahren stammt.

Während 1777 – 1783 wurden einige Teile des Hauses angebaut und das Dachgeschoss in Gebrauch genommen. Mit den 1828 verrichteten Anbauten bekam das Gebäude seine heutigen Maße. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurde an den südlichen Teil des Gebäudes eine Metzgerei hinzugebaut. Das Haus wurde nach dem Brand 1937 zum Teil umgebaut. In der jetzigen Form – ein einstöckiges Gebäude mit einem Mansarddach – stellt Uppsala Maja ein typisches Haus eines Bürgers des 18. Jahrhunderts dar.

Das Grundstück samt dem darauf liegenden Gebäude hatte während seiner langen Geschichte viele Eigentümer: In dem Haus haben zu verschiedenen Zeiten Familien eines Sekretärs des Hofgerichts, eines Waffenschmieds, einiger Schneidermeister, eines Pachtmeisters, sowie Kanzleiassessors und Sattelmeisters gewohnt.

Seit Anfang des 19. Jahrhunderts befanden sich in dem Haus auch Mietwohnungen für Studenten. 1940 wurde das Gebäude nationalisiert. Während der sowjetischen Periode wurden die Räume als Wohnungen in Gebrauch genommen und das herrenlose Haus begann zu verfallen.