Angaben über die Verbindungen zwischen Uppsala und Tartu finden sich schon ab dem 17. Jahrhundert, als Estland in den Bestand des Staates Schweden gehörte. In den 1630er Jahren bildete Tartu das wichtigste Zentrum der schwedischen Machthaber im Baltikum. 1632 gründete Gustav II Adolf die Universität Tartu, die den zweiten Platz nach der Universität Uppsala in der Rangliste der schwedischen Universitäten einnahm.

Seit 1988 sind Tartu und Uppsala durch einen Partnerstadtsvertrag verbunden. Auf Grund des gemeinsamen Projektes „Restaurierung alter Gebäuden” haben die Kommuune Uppsala und die Stadt Tartu im Jahr 1993 einen Vertrag abgeschlossen, in dem die Restaurierung des im Stadtzentrum liegenden Holzhauses festgelegt wurde. Dieses Haus sollte in Zukunft den Namen Uppsala Maja tragen und als Gästehaus fungieren.

Uppsala Maja wurde am 28. Mai 1996 eröffnet. In erster Linie ist dieses Haus für Vertreter beider Partnerstädte vorgesehen, aber auch alle anderen Gäste der schönen Universitätsstadt sind bei uns jederzeit willkommen.